Aunque no se tiene muy claro el año de nacimiento de Hipatia, se sabe con certeza que fue hija de Teón, uno de los sabios que guardaba los libros de la Biblioteca de Alejandría, el mayor centro de conocimiento del mundo antiguo. Teón educó a su hija en matemáticas, astronomía, filosofía y educación física; junto con ella, comentó a otros sabios y sus teorías.
Era una mujer respetada por propios y extraños, lo que le permitía tener accesos a círculos de conocimiento y discusión, predominantemente masculinos.